神木县花石崖镇马家沟村人，1932年投身革命，1935年加入中国共产党，1936年参加中国工农红军，1940年先后任神府苏区第一、四、五、七区委书记，1945年任神府县组织部长，1947年任府神县长。

1953年，马能元因积劳成疾，医治无效，于9月23日在兰州病逝，享年51岁，马能元同志去世后，被追认为烈士。